土壤里面的有机质主要来源是动植物的残体,这类有机质成分复杂,一般的分子量都很大。根部缺少相应的载体蛋白,所以原始的有机质是不能被植物吸收的。有机质只有通过分解和转化才能被植物吸收利用。
一方面,有机化合物进入土壤后,通过微生物的分解作用,释放出二氧化碳,水和能量,氮、磷、硫、钾等营养元素通过一系列的特定反应,释放成植物可利用的矿质元素。
另一方面,各种有机物通过微生物的合成或者聚合转变成为更复杂的有机物,称为腐殖化过程。土壤学上,腐殖质是衡量土壤肥力的主要指标之一。